کسروی در رشتههای تاریخ، لغت، زبان و دین تحقیق کرد و مخالف سرسخت عرفان بود. او از به کار بردن لغات و واژههای عربی دوری میجست. روزنامهای به نام «پرچم» و مجلههای به نام «پیمان» منتشر کرد. او همچنین بیش از ۷۰ عنوان کتاب انتشار دارد.
وی در جرگه زبانشناسان و ادیبان جای میگیرد. تسلط او به زبانهای پهلوی، عربی، اسپرانتو، انگلیسی و ترکی استانبولی بر همگان مسلم است و در ادبیات فارسی نیز، صاحب سبک بود. وی به بهانه پالایش زبان و ادب فارسی به حد افراط، استفاده از واژههای عربی را مردود میشمرد و تا به آنجا پیش رفت که طرح «تغییر خط فارسی به لاتین» را مطرح کرد. وی در کتاب «زبان پاک» به نقد و عیبجویی از حروف و لغات فارسی پرداخت.
از سوی دیگر کسروی مورخی با متد تاریخنگاری و تاریخشناسی خاصه خود بود؛ آثاری چون پیدایش آمریکا، تاریخ پانصد ساله خوزستان و... از این دست کتابها هستند. شاید بتوان کتاب تاریخ مشروطیت کسروی را صرفنظر از مواضع وی درباره روحانیت، از کتابهای برجسته این دوره بر شمرد.
نام کسروی در شمار «دینسازان قرن بیستم» نیز آمده است؛ چرا که وی با نظریهپردازی و ادعای اصلاحگری در فرهنگ و دین، مریدانی نیز به دست آورد. جلال آلاحمد در «خدمت و خیانت روشنفکران» یکی از پاتوقهای روشنفکری عصر رضاخان را «باهماد آزادگان» میداند که ناشی از تفکرات کسروی و به همت وی پا گرفته بود.
کسروی تا به آنجا به دینسازی اشتهار یافت که آلاحمد از روش و منش وی در پاتوقهای روشنفکری آنچنانی، به سومین بازی که همان «کسروی بازی» است اشاره کرده و میگوید: «حالا که بهائیها فرقهای شدهاند و در بسته از شور افتاده و سر به پیله خود فرو کرده و دیگر کاری از ایشان ساخته نیست، چرا یک فرقه تازه درست نکنیم؟ این است که از وجود یک مورخ دانشمند و محقق کنجکاو، یک پیغمبر دروغی میسازند، اباطیل باف و آیه نازل کن، تا فوراً در شربالیهود پس از شهریور ۱۳۲۰ در حضور قاضی دادگستری ترور شود. و ما اکنون در حسرت بمانیم که تاریخنویس صالح زمانه، پیش از اینکه کارش را تمام کند، تمام شده است. و پیش از اینکه نقطه ختام بگذارد بر داستان بیآبرویی رجال مشروطه، به ضرب تعصب جاهلی که تعارض روشنفکران با مذهب، او را از تربیت محروم کرده است، کشته بشود. یکی به این دلیل که از هر صد تودهای ۸۰-۷۰ نفرشان قبلاً در کتابهای کسروی تمرین عناد با مذهب را کردهاند. دوم به دلیل اینکه در آن دوره با پر و بال دادن به کسروی و آزاد گذاشتن مجلهٔ «پیمان» میخواستند زمینهای برای رفورم در مذهب بسازند که روحانیت از آن سر باز میزد. ناچار میتوان دید زمینهای چیده شده است تا پس از شهریور ۱۳۲۰ چنین نتایجی به بار بیاورد. اگر به خاطر کوبیدن مذهب یا به عنوان جانشین کردن چیزی به جای روشنفکری نبود «پیمان» هم میتوانست مثل هر مجله و مطبوعات دیگری در توبرهٔ «محرمعلیخان» جا بگیرد و فرصت نیافته باشد برای آن مذهبسازی قراضه، و به این طریق کسروی سوق داده شود به آن راه بیفرجام و جوانان مملکت به آن راه بیفرجامتر که رکود و روشنفکری است، به خصوص که ما در زمانهای به سر میبریم که فقدان کسروی به عنوان مورخ و محقق زبانشناسی بسیار سنگین است؛ چرا که مردی بود صاحبنظر و کنجکاو که نه ریا کرد و نه دغل بود و نه همچو کنه به این روزگار نکبتی چسبید و تنها یک تاریخ مشروطهاش میارزد به تمام محصول ادبی و تاریخی و تحقیقی دورهٔ بیست ساله.»
کسروی به اسائه ادب به ساحت مقدس ائمه شیعه (ع) بالاخص نسبت به امام محمد باقر (ع) و امام جعفر صادق (ع) متهم شد. شکایت متدینین در سالهای ۱۳۲۴-۱۳۱۶ به مقامات مسئول دادگستری نیز هیچ اثری در کاهش اقدامات وی نداشت. این در حالی است که بر اساس قانون اساسی مشروطیت، هرگونه توهین به اسلام و مذهب شیعه جرم محسوب شده و مجرم باید توسط قانون دستگیر و محاکمه شود اما دادگستری و حکومت نه تنها معترض کسروی نشدند، بلکه در دوران خفقان که هر صدا و ندایی در گلو خفه میشد و افرادی چون عبدالرحمن فرامرزی و علی دشتی در کسوت سانسورچی دستگاه، هر کلمه و جمله مطبوعات و نوشتهها را با ذرهبین دقت میکردند، آثار کسروی منتشر شد و حتی به زبان عربی نیز ترجمه شدند.
سیدمجتبی نواب صفوی، رهبر فدائیان اسلام از نجف برای مناظره و بحث به تهران آمد و در جلسات کسروی شرکت کرده و با او به بحث نشست. کسروی، به دلیل اخلاق تند و غرورش، به تحقیر نواب صفوی پرداخت و از بحث با او امتناع کرد. بار دیگر نواب، در مسیر منزل کسروی با وی به بحث و مجادله پرداخت. کسروی با تندخویی و درشتگویی، سید و دوستانش را میراند. نواب با کسروی گلاویز شد اما مأموران حکومت، کسروی را نجات دادند.
شکایت نواب به دادگستری رفت. کسروی را به دادگاه کشاندند اما دادگستری نه تنها توجهی به اعتراضات و شکایت شاکیان نکرد، بلکه به نوعی نیز دفاع از کسروی را پیشه گرفت. تنها راه حل برای شاکیان، اجرای حدودی بود که با فتوای مراجع تقلید نجف اشرف مسلم شده بود که سرانجام یکی از اعضای فعال و معتقد فدائیان اسلام، در ۲۰ اسفند ۱۳۲۴ کسروی را در کاخ دادگستری تهران ترور کرد.