یک رژیم غذایی فاقد فیبر ترکیب باکتری های روده را تغییر می دهد و بر همین اساس تعداد کلی آنها را کاهش داده و در نسبت گونه های موجود تغییر ایجاد می کند. همچنین، رژیم های غذایی با محتوای فیبر کم توانایی باکتری ها برای تجاوز به سلول های اپیتلیال روده را افزایش می دهد که این شرایط موجب یک واکنش التهابی می شود.