احمد توکلی، رئیس پیشین مرکز پژوهشهای مجلس در یادداشتی علی اکبر ولایتی را درباره مناقشه دانشگاه آزاد با وزارت علوم و اعتراض به غیرقانونی خواندن"مصوبه دانشگاه آزاد در اعلام ۲۸۰۰ کد رشته محل در دفترچه انتخاب رشته" مورد خطاب قرار داد.
تدبیر24»احمد توکلی در این یادداشت خطاب به رییس هیات امنای دانشگاه آزاد نوشته است:
"بسم الله الرحمن الرحیم
دو کلمه با دکتر ولایتی ارجمند
نصب جنابعالی به مسئولیت جدید، نسبت به اصلاح برخی از امور دانشگاه آزاد
امیدهایی را برانگیخت که به تحقق آنها خوشبین هستم. برای توفیق شما دعا
میکنم. موضوع تثبیت دورههای تحصیلات تکمیلی در واحدهای مختلف دانشگاه
آزاد از دو جهت قابل خدشه است: